A contemporaneidade confere ao Ensino Médio um papel cada vez mais decisivo na vida dos alunos. Nesta etapa da vida escolar, os adolescentes se preparam para novos desafios, consolidam valores e atitudes, elaboram projetos de vida e encerram um ciclo de transformações no qual se adaptam para assumir as responsabilidades da vida adulta. A ETAJ procura preparar o educando para a cidadania, de modo que possa ser capaz de se adaptar com flexibilidade a novas condições de vida, sempre relacionando a teoria com a prática, aprimorando-se como pessoa humana, com formação ética e autonomia intelectual. O Ensino Médio está distribuído em três anos, e o ingresso se dá por meio de inscrição e matrícula, mediante entrega de documento comprobatório de conclusão do Ensino Fundamental. Tem como diferencial o trabalho interdisciplinar com os cursos técnicos concomitantes ao Ensino Médio, possuindo também laboratórios de aprendizagem extraclasse.